Der EuGH erachtete zwar das Rechtsmittel gegen die Entscheidung des EuG als zulässig, die zwei von den EP-Mitgliedern vorgebrachten Rechtsmittelgründe verwarf er jedoch als unbegründet:
Der EuGH stellte zunächst klar, dass die Rechtsmittelführer:innen nur das Verbot angefochten hätten, Nationalflaggen aufzustellen. Diese Maßnahme habe – jedenfalls konkret – keinen Wortentzug der betroffenen EP-Mitglieder bewirkt. Ein solcher sei daher vom EuG nicht zu prüfen gewesen.
Zum anderen setzte sich der EuGH mit dem Vorbringen der Rechtsmittelführer:innen auseinander, das EuG habe Art. 10 Abs. 3 der Geschäftsordnung des EP ("Die Mitglieder stören die Ordnung im Plenarsaal nicht und sehen von unangemessenem Verhalten ab. Sie stellen keine Transparente aus.") falsch ausgelegt und zu Unrecht zur Grundlage des Verbots gemacht; eine solche Maßnahme könne – so das Vorbringen weiter – den Bedingungen für die Ausübung ihres Mandats als EP‑Mitglieder abträglich sein, weil dadurch ihre Rechtsstellung in qualifizierter Weise geändert werde.
Der EuGH führte dazu aus, das EuG habe zu Recht auch andere Sprachfassungen als die französische berücksichtigt, um zu bestimmen, ob es sich bei den Nationalflaggen um "Transparente" im Sinne des Art. 10 Abs. 3 der Geschäftsordnung des EP handelt. Dabei sei es zu Recht zu dem Ergebnis gelangt, dass die Nationalflaggen – jedenfalls bei einer Verwendung wie im vorliegenden Fall – als ein mit Transparenten identisches Ausdrucks- oder Kommunikationsmittel im Parlament angesehen werden könnten. Dies werde – so der EuGH – auch durch den Kontext und die Zielsetzung der Regelung der Geschäftsordnung des EP bestätigt: Die Geschäftsordnung des EP beschränke die Ausdrucksmittel der EP-Mitglieder außerhalb ihrer Redezeit, um die Gleichheit der Mitglieder des EP sowie die Ordnung im Plenarsaal zu gewährleisten. Das Ziel bestehe aber auch darin, allen EP-Mitgliedern für ihre Äußerungen die gleiche Redezeit zu garantieren. Zu den grundsätzlich mündlichen Äußerungen sollten daher keine sonstigen Äußerungen hinzutreten, etwa durch Transparente oder eben Nationalflaggen im Plenarsaal.
Dem Vorbringen der Rechtsmittelführer:innen, den EP-Mitgliedern komme aus Gründen der Achtung der nationalen Identität im Sinne des Art. 4 Abs. 2 EUV das Recht zu, kleine Nationalflaggen auf den Tischen im Plenarsaal aufzustellen, hielt der EuGH entgegen, dass sich diese Bestimmung nicht auf eine "nationale Zugehörigkeit" beziehe. Die Bestimmung verpflichte die EU vielmehr, die Gleichheit der Mitgliedstaaten vor den Verträgen und ihre jeweilige nationale Identität, die in ihren grundlegenden politischen und verfassungsmäßigen Strukturen zum Ausdruck komme, sowie die grundlegenden Funktionen des Staates zu achten.
Der EuGH bestätigte damit die Entscheidung des EuG: Das Aufstellen von Nationalflaggen auf den Tischen der EP-Mitglieder im Plenarsaal stehe im Widerspruch zu ihrer in den Verträgen zur Europäischen Union definierten repräsentativen Funktion. Das vom Präsidenten des EP ausgesprochene Verbot, Nationalflaggen aufzustellen, erzeuge keine Rechtswirkungen, die den Bedingungen für die Mandatsausübung der EP-Mitglieder durch eine qualifizierte Änderung ihrer Rechtsstellung abträglich sein könnten. Ihre Wirkungen gingen nicht über Art. 10 Abs. 3 S 2 der Geschäftsordnung des EP hinaus.
Vgl. zu diesem Verfahren den Volltext der Entscheidung.